Nasza cywilizacja legła w gruzach! W grze o tytule brzmiącym jak błąd systemu „NieR Replicant ver.1.22474487139" tajemniczy kataklizm cofa naszą cywilizację w rozwoju o blisko 1000 lat. Rzeczywistość przypomina średniowiecze, z tą różnicą, że wśród pól i lasów panoszą się groźne stworzenia zwane Shades. Gdzieniegdzie można też natknąć się na oryginalne wynalazki z przeszłości. Czy jest wśród nich lekarstwo na chorobę, która dziesiątkuje ludzkość? Kiedy zapada na nią siedmioletnia siostra...