Sezon 2016/17 był dla gdynian zdecydowanie najlepszym w historii klubu. Arka jako beniaminek wygrała puchar kraju, pokonując w finale Lecha 2-1. Zdobycie tego trofeum umożliwiło niebiesko-żółtym grę w III rundzie eliminacji Ligi Europy, gdzie przegrali z FC Midtjylland. Następnie na otwarcie sezonu 2017/18 po rzutach karnych pokonali Legię Warszawa, zdobywając tym samym pierwszy raz w historii Superpuchar.