ՀՀ պաշտպանության նախարարի պաշտոնավարման երկրորդ շրջանը Ս. Սարգսյանի համար ևս դյուրին չէր: Ադրբեջան-Արցախ հակամարտությունը ռազմական ճանապարհով լուծելու պաշտոնական Բաքվի անշեղ կուրսը, այդ երկրի արագ տեմպերով ռազմականացումը և սպառազինությունների մրցավազքը, Ալիևյան կլանի ռազմատենչ հայտարարությունները, Արցախի Հանրապետության և ՀՀ-ի դեմ ռազմական գործողությունները վերսկսելու չդադարող սպառնալիքները լուրջ մարտահրավերներ էին հայկական պետականությանը: