Des agents ont fait sortir Mary Jane Veloso, 39 ans, de sa prison dans le sud de l'île de Java, a constaté un journaliste de l'AFP, avant de l'emmener dans un autre centre de détention de la capitale Jakarta tard dimanche.
Elle partira pour les Philippines avant l'aube mercredi, a indiqué en conférence de presse I Nyoman Gede Surya Mataram, un responsable de l'immigration.
Mme Veloso prendra un vol de Cebu Airlines peu après minuit, a-t-il précisé.
L'ambassade philippine à Jakarta n'avait pas réagi dans l'immédiat.
Mary Jane Veloso avait été arrêtée en 2010 alors qu'elle transportait dans sa valise 2,6 kilos d'héroïne, puis condamnée à mort.
En 2015, le gouvernement philippin avait obtenu un sursis de dernière minute pour éviter son exécution, après qu'une femme soupçonnée de l'avoir recrutée a été arrêtée et jugée pour trafic d'être humains.
Sa famille et ses soutiens affirment qu'elle est innocente et a été victime d'un réseau international de trafic de drogue.
"C'est un miracle parce que, honnêtement, même maintenant, cela ressemble toujours à un rêve. Chaque matin, quand je me réveille, je pense à mes aspirations, pour lesquelles je n'ai jamais eu de certitude", a déclaré Mary Jane Veloso à l'AFP vendredi.
La législation indonésienne contre la drogue, l'une des plus sévères au monde, prévoit des peines allant jusqu'à l'exécution pour les trafiquants.
Au moins 530 personnes au total sont dans le couloir de la mort en Indonésie, la plupart pour des affaires liées à la drogue, selon des données du groupe de défense des droits KontraS s'appuyant sur des chiffres officiels.
D'après ceux du ministère de l'Immigration, on y dénombrait 96 étrangers début novembre, tous pour des crimes liés aux stupéfiants.
