Ce typhon, l'un des plus puissants des dernières décennies à frapper l'archipel, a faibli mais soufflait toujours des vents à plus de 126 km/h, alors qu'il remontait lentement ce pays de 125 millions d'habitants.
Avant même que le typhon n'atteigne la terre, un glissement de terrain provoqué par les fortes pluies avait causé la mort de trois membres d'une même famille mardi soir dans le département d'Aichi, sur la côte pacifique au centre du pays.
Et selon les médias, deux autres personnes ont perdu la vie, dont un homme vu pour la dernière fois sur un petit bateau sur l'île du sud, Kyushu, et un autre dont la maison à deux étages s'est partiellement effondrée, sur l'île principale voisine de Shikoku.
Au moins 81 autres personnes ont été blessées, nombre d'entre elles par des éclats de verre après que le typhon a brisé des vitres et arraché des tuiles des toits lorsqu'il a frappé Kyushu jeudi avec des rafales allant jusqu'à 252 km/h.
Les autorités ont émis une alerte maximale aux inondations, aux vagues-submersion et aux glissements de terrain dans plusieurs régions, avec plus de cinq millions de personnes invitées à évacuer.
La ville de Ninomiya, au sud-ouest de Tokyo, a exhorté les habitants à prendre des "mesures immédiates" pour assurer leur sécurité, comme se déplacer vers des étages supérieurs de leur maison après la crue d'une rivière locale.
Certaines parties de l'île méridionale de Kyushu ont connu des pluies record pour le mois d'août, la ville de Misato a ainsi enregistré 791 mm d'eau en 48 heures, a déclaré l'Agence météorologique japonaise.
Les coupures de courant ont touché plus de 250.000 foyers au total à Kyushu, mais l'opérateur de services publics a indiqué que seulement 6.500 étaient toujours sans électricité vendredi alors que les ingénieurs réparaient les lignes de transmission endommagées.
Dans la nuit, de nombreuses autoroutes ont été totalement ou partiellement fermées dans plusieurs régions, ont rapporté les médias japonais.
Les trains à grande vitesse, les Shinkansen, sont restés suspendus à Kyushu et ont également été interrompus sur la liaison principale entre Tokyo et Osaka, les opérateurs avertissant de perturbations ailleurs.
Japan Airlines et ANA avaient déjà annoncé l'annulation de plus de 600 vols vendredi, après en avoir supprimé un nombre similaire la veille, affectant près de 50.000 passagers.
Usines à l'arrêt
Le géant de l'automobile Toyota a été contraint de suspendre la production de la totalité de ses 14 usines au Japon. Ses concurrents Nissan et Honda ont eux cessé leurs activités dans leurs usines à Kyushu, tout comme des fabricants de puces électroniques dont Tokyo Electron, selon des médias.
Kyushu est un lieu important de production de semi-conducteurs: le géant taïwanais du secteur TSMC y a ouvert une usine en février.
Shanshan a frappé le Japon après le typhon Ampil, qui avait provoqué mi-août de fortes pluies et perturbé des centaines de voyages en train au Japon sans causer d'importants dégâts.
Les typhons de la région se forment plus près des côtes qu'auparavant, s'intensifient plus rapidement et restent plus longtemps au-dessus des terres en raison du changement climatique, selon une étude publiée en juillet.
Une autre étude publiée jeudi par le World Weather Attribution (WWA) a montré que le changement climatique avait accéléré le typhon Gaemi, qui a tué des dizaines de personnes aux Philippines, à Taïwan et en Chine plus tôt cette année.
