Dans son enfance, il a été agressé sexuellement par un prêtre, Félix Hutin. Jean-Yves Schmitt a ensuite été condamné pour pédocriminalité. L’instance de réparation envers les victimes de pédocriminalité (Inirr) a reconnu, dans une lettre du 16 mai 2024, un lien de causalité notant que « ces actes de violence ont transformé sa vie professionnelle, personnelle et familiale ».
