در اطلاعیهٔ وزارت اطلاعات در تاریخ ۱۵ دی ۱۳۷۷ آمده‌است گروهی از اعضای وزارت اطلاعات مسئول قتل‌های زنجیره‌ای بوده‌اند و سعید امامی یکی از آنان بود. رئیس وقت سازمان قضایی نیروهای مسلح او را یکی از چهار عامل اصلی قتل‌های زنجیره‌ای معرفی کرد و گفت: «عاملان اصلی با توجه به تحقیقات انجام گرفته مصطفی کاظمی، مهرداد عالیخانی، سام نیک طاها، خسرو براتی و سعید امامی هستند.»
