درحالی سازمان حفاظت محیط زیست پرونده میانکاله را به استناد بررسی‌های سازمان دامپزشکی بسته است که رسانه‌ها و فعالان محیط زیست همچنان ابهامات بسیاری در مورد مرگ پرندگان در میانکاله دارند. برخی از کارشناسان و فعالان محیط زیست علت مرگ پرندگان به دلیل مسمومیت با سم بوتولیسم را رد می‌کنند. آنان معتقدند که ورود پسماند و پساب صنعتی به آب سبب آلودگی آن و در نهایت مرگ پرندگان شده است. حتی به گفته برخی کارشناسان پای شکارچیان نیز می‌تواند در پرونده مرگ پرندگان در میان باشد.
