Tegevuspõhist eelarvet on palju kritiseeritud, nii riigikogulaste, õiguskantsleri, riigikontrolli, ekspertide kui ka ajakirjanike poolt. Oma olemuselt pole ju tegevuspõhine eelarve paha – riik jaotab suure hulga maksudena kogutud raha laiali ning soovib seejuures teada, kuidas see raha nimetatud valdkonda muudab. Siinjuures muutub aga ülioluliseks, missugused mõõdikud saavutatud efekti kõige paremini kirjeldavad.