Kultuuriministeeriumi siseauditi osakond viis läbi auditi, milles hindas riigiasutuse Võru Instituudi sisekontrollisüsteemi toimimist, ja leidis, et see vajab oluliselt parandamist. Samuti leiti auditis, et instituudi tegutsemine riigiasutusena pole parim variant. Instituut ise on eriarvamusel.