Un método de secuenciación genómica predice con exactitud la resistencia de 'Helicobacter pylori' a antibióticos
Un nuevo método basado en secuenciación genómica predice con total precisión la resistencia de 'Helicobacter pylori' a antibióticos clave en el tratamiento, lo que permite saber con antelación cuál será la mejor terapia para cada paciente, según han descrito investigadores del Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV), del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) y el National Reference Center for Campylobacters and Helicobacters (Francia).
Más de la mitad de la población mundial porta esta bacteria, que vive en el estómago y es responsable de una de las infecciones crónicas más comunes en humanos, aunque muchos no llegan a presentar nunca síntomas. Sin embargo, cuando lo hacen, 'Helicobacter pylori' puede causar gastritis, úlceras pépticas y, a largo plazo, aumentar el riesgo de cáncer gástrico y un tipo raro de linfoma estomacal.
Los tratamientos empleados en la actualidad buscan erradicar la bacteria para evitar complicaciones más graves y se basan en la combinación de antibióticos y fármacos para proteger el estómago. "Los tratamientos para erradicar 'Helicobacter pylori' fallan en alrededor de un 25 por ciento de casos, generalmente debido a bacterias resistentes a alguno de los antibióticos usados", ha explicado el profesor de investigación del CSIC en el IBV Iñaki Comas, líder del estudio publicado en 'The Lancet Microbe'.
Tradicionalmente, la técnica de laboratorio empleada para determinar la posible resistencia de la bacteria ante determinados medicamentos es el cultivo bacteriano. Este método consiste en cultivar una bacteria, es decir, en proporcionarle un ambiente óptimo para que se multiplique, y así obtener una población bacteriana lo suficientemente grande para facilitar el diagnóstico. El problema en el caso de 'H. pylori' es que este proceso es especialmente difícil y no es sencillo replicar los resultados entre laboratorios.
En este contexto, los responsables del nuevo estudio han diseñado un método que, en lugar de realizar cultivos de la bacteria, utiliza la secuenciación genómica para identificar mutaciones específicas que avanzan la resistencia a claritromicina y levofloxacino, dos de los antibióticos empleados frente a 'Helicobacter pylori'.
"Aunque requiere un cultivo positivo (confirmación de presencia bacteriana en una muestra) para obtener el genoma de la bacteria, no es necesario hacer cultivos adicionales para identificar resistencias, lo que ahorra tiempo y recursos. Además, el método es más preciso y reproducible, evitando los errores asociados a las pruebas tradicionales", ha destacado el investigador en la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (Fisabio) Álvaro Chiner, también autor principal del estudio.
Con estos resultados, han creado un catálogo de mutaciones genéticas que permite diagnosticar la resistencia solo con un análisis para conocer su genoma. Además, han estimado la prevalencia global de estas resistencias, revelando diferencias importantes entre regiones del mundo
A este respecto, el trabajo recoge que hasta el 51,2 por ciento de las cepas fueron resistentes a la claritromicina en el sudeste asiático, mientras que la resistencia a la levofloxacina fue inferior al 13 por ciento. Por el contrario, más de la mitad de las cepas del sur de Asia fueron resistentes a la levofloxacina, pero menos del cinco por ciento fueron resistentes a la claritromicina.
Según los investigadores, esta técnica permite una aplicación global y escalable, ya que puede integrarse en plataformas de diagnóstico genómico y adaptarse a las necesidades de cada región. "Esta tecnología puede utilizarse en el diagnóstico clínico para seleccionar el tratamiento más adecuado desde el inicio", ha subrayado Iñaki Comas. En su opinión, la progresiva implantación de la secuenciación genética en hospitales, sobre todo a partir de la pandemia de Covid-19, permitiría integrar este análisis para 'Helicobacter pylori'.
Asimismo, ha añadido que el método es útil para realizar vigilancia epidemiológica de la resistencia a antibióticos y para el desarrollo de nuevas estrategias terapéuticas. A largo plazo, los investigadores confían en que podría contribuir a reducir el fracaso terapéutico y mejorar el control de infecciones por 'Helicobacter pylori' en todo el mundo.
El proyecto forma parte de un consorcio internacional financiado y liderado por Contanza Carmago, del Instituto Nacional del Cáncer de los Estados Unidos. Además de la Fundación Fisabio, el proyecto ha contado con la colaboración de otras instituciones científicas de España, Francia, Japón y Estados Unidos. En su financiación han contribuido el Consejo Europeo de Investigación (ERC) y el Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. El laboratorio de Iñaki Comas en el IBV-CSIC forma parte del CIBER en Epidemiología y Salud Pública del Instituto de Salud Carlos III y de la Plataforma Temática Interdisciplinar (PTI) Salud Global del CSIC.