España, además de conquistar América, a mediados del siglo XVI, estableció las primeras universidades del continente, las cuales —aunque con desigualdades— fueron fundamentales para la difusión del conocimiento y la formación de élites en el conocido como 'Nuevo Mundo'. Es así que fundaron dos universidades el mismo año en distintos países de América Latina, con solo meses de diferencia.
Las instituciones fundadas en esa época tuvieron un impacto duradero, ya que formaron generaciones de intelectuales y líderes en los territorios coloniales. Sin embargo, no todas las universidades de la época lograron los mismos reconocimientos oficiales.
En 1551, los españoles fundaron dos de las universidades más antiguas de América, que se ubican en Perú y México. Ambos centros de educación son, incluso, más antiguos que la Universidad de Harvard, en Estados Unidos. Estas son las siguientes:
| Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM) | Establecida en Lima, Perú, esta institución fue creada el 12 de mayo de 1551 mediante una cédula real firmada en Valladolid. En sus inicios, fue conocida como la Real y Pontificia Universidad de la Ciudad de los Reyes de Lima. |
| Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) | Ubicada en México, su fundación —bajo el nombre Real y Pontificia Universidad de México— también se dio en el mismo año, el 21 de noviembre de 1551, por una cédula real firmada por Carlos I de España y su hijo Felipe II. |
Aunque la Real y Pontificia Universidad de México cerró sus puertas en 1865, su legado se disputa por dos instituciones educativas en México. La Universidad Nacional Autónoma de México, fundada en 1910 bajo el liderazgo de Justo Sierra Méndez, adoptó un enfoque laico. Por otro lado, la Universidad Pontificia de México, establecida en 1982 por iniciativa de Javier Lozano Barragán y otros obispos, se caracteriza por su orientación católica.
Para que un establecimiento educativo fuera considerado una universidad en el siglo XVI, debía cumplir con ciertos requisitos estipulados por la monarquía y la Iglesia. Estos incluían:
| 1. La fundación oficial mediante bula pontificia o cédula real, que otorgaba la legitimidad necesaria. Sin embargo, en la práctica, solo las universidades reales o estatales reunieron los atributos necesarios para ser consideradas verdaderas instituciones universitarias. |
| 2. Debía contar con una estructura colegiada, donde los claustros de doctores y consiliarios ejercían la autoridad máxima |
| 3. La autonomía interna frente a las órdenes religiosas y la autoridad episcopal |
| 4. Ofrecer enseñanza en las cinco facultades tradicionales: Filosofía o Artes, Teología, Derecho Canónico, Derecho Civil y Medicina |
| 5. Estar facultadas para otorgar grados académicos como bachiller, licenciado, maestro y doctor |
Existen diversos debates sobre cuál es la universidad más antigua de América. Aunque la Universidad Nacional Mayor de San Marcos es ampliamente reconocida por su fundación oficial en 1551, algunos académicos de República Dominicana argumentan que la Universidad Santo Tomás de Aquino —ahora conocida como Universidad Autónoma de Santo Domingo (UASD)—, fundada en 1538 mediante bula papal, es en realidad la primera.
No obstante, esta última no recibió el reconocimiento de la Corona española hasta 1558, lo que lleva a muchos historiadores a concluir que no cumplió con todos los requisitos necesarios en su momento. La controversia continúa, pero lo cierto es que tanto la UNMSM como la UNAM han desempeñado un papel fundamental en la historia educativa de América Latina.
