Durante los trabajos de revisión constante del estado de conservación de las capillas de la Mezquita-Catedral se observó, durante el mes de mayo de 2022, la aparición de grietas tanto en el apoyo oeste como en la zona norte de la bóveda de la capilla de San Miguel según informa el Cabildo Catedral de Córdoba en un comunicado de prensa. Del mismo modo, se identificó un deterioro similar en la contigua capilla de la Virgen de la Antigua . Ambas apreciaciones indicaban la pudrición de los elementos de madera sobre los que apoya la bóveda de cañón que cubre las capillas, por lo que el Cabildo Catedral , tras los oportunos permisos y autorizaciones, inició sus proyectos de restauración que ahora han concluido. Dichos proyectos de restauración , iniciados en 2023 y concluidos en 2024 , han centrado su actuación en la sustitución de estos elementos de madera por otros del mismo material, de tal manera que recuperen la solidez del apoyo de su bóveda. Además, se han investigado los muros internos, que ya habían sido examinados por el arquitecto Félix Hernández a mediados del siglo XX. Este análisis ha aportado información acerca de la fachada al patio en época emiral (siglos VIII-IX), que se encontraba revestida y encalada en blanco. Esta fachada fue posteriormente reforzada con un muro exterior en tiempos de Abd al-Rahman III , y vuelta a reformar en el momento de la ampliación de Almanzor. También se han realizado sondeos en la base de dos de las columnas para observar estos apoyos, que han quedado integrados y visibles bajo el pavimento de la estancia. En ellos ha aparecido un pavimento de mortero de cal de época emiral , quedando ambos huecos integrados para que se puedan observar las columnas al completo junto con sus basas. La intervención ha incluido con una limpieza y consolidación general de la capilla, que ha comprendido muros, columnas, bóveda y portada con reja. Estos trabajos, que han tenido una duración de 8 meses , han sido coordinados y ejecutados por los equipos técnicos de mantenimiento y de obrería de la Mezquita-Catedral. La capilla de San Miguel, fundada en 1612 , junto con la capilla de Ntra. Sra. de la Antigua, son las primeras que se construyen en el muro norte, cerrando dos de los cuatro arcos que quedaban abiertos hacia el patio a finales del siglo XVI, cegándose coincidiendo con la finalización de las obras de construcción del crucero. La coincidencia de las fechas de fundación, así como las numerosas similitudes formales entre ambas capillas sugiere que se trate de « capillas gemelas », e incluso que pudieran ser edificadas por el mismo equipo de constructores. En su planta, ambas se adaptan a los huecos de la fachada islámica conservando las columnas y arco del frente de Abd al-Rahman I, siendo las únicas capillas de este muro norte que en su construcción no han eliminado dichas columnas. En su bóveda presentan también idéntica solución constructiva , con vigas de madera sobre los cimacios en las que cargan las bóvedas tabicadas de ladrillo con arcos trasdosados por el exterior como refuerzo, también fabricados con ladrillo colocado de plano.
