Imposible que Kofi Annan, casi una década al frente de Naciones Unidas y varias en puestos directivos, hubiera podido sacudirse de las polémicas. La mayor y más dura, posiblemente, tiene que ver con Ruanda. Aunque no era secretario general, Annan estaba al cargo de las misiones de paz. Fue entonces, enero de 1994, que un informante le confesó al entonces jefe de los cascos azules de la ONU en el África central, el coronel canadiense Roméo Dallaire, que la etnia hutu planeaba dar un golpe de estado y, acto seguido, exterminar a la minoría tutsi.
De nada sirvieron las dramáticas peticiones de ayuda de un Dallaire desbordado a medida que el proyectado genocidio se convertía en algo real y la radio estatal daba nombres de personas que debían de ser exterminadas. Ni la ONU ni EE UU consintieron en enviar refuerzos. Entre otras cosas porque estaba demasiado reciente la catástrofe vivida por los comandos especiales estadounidenses en Mogadiscio. En apenas dos meses, de abril a junio de 1994, el 75% de los tutsis fueron pasados a machete, torturados, mutilados y asesinados. Para cuando la ONU quiso actuar era ya demasiado tarde, y Annan, interlocutor del atormentado Dallaire, no hizo nada por evitarlo.
Sonada fue también la actuación de Annan con relación a la guerra en Yugoslavia. Sucedió en 1995, cuando todavía ejercía como secretario general adjunto para las operaciones de mantenimiento de la paz, y tampoco fue capaz de contener o evitar la matanza de 8.000 personas en la ciudad Srebrenica.
En 1999, tres años después de la masacre en Bosnia, un atribulado Annan pronunció en Saravejo, ciudad mártir, un mea culpa en toda regla: «La experiencia de la ONU en Bosnia fue una de las más difíciles y dolorosas de nuestra historia. Nadie lamenta más que nosotros las oportunidades perdidas para lograr la paz y la justicia. Nadie lamenta más que nosotros que la comunidad internacional no tomara las medidas necesarias para detener el sufrimiento y poner fin a una guerra que provocó tantas víctimas. Nunca olvidaremos que Bosnia fue una causa tanto moral como militar. La tragedia de Srebrenica nos perseguirá para siempre». También la guera de Irak, donde tampoco pudo lograr el fin del conflicto.
En otro ámbito, digamos doméstico, aunque también público, pertenece el escándalo suscitado por su hijo, Kojo Annan, cuando salieron a la luz las comisiones que este habría recibido de una empresa suiza a cambio de suculentos contratos en el programa de petróleo por alimentos en Irak. Las investigaciones, lideradas por Paul Volcker, ex presidente de la Reserva Federal de EE UU, determinaron como insuficientes las pruebas presentadas contra Kojo. Pero la sombra persistió. Algo perfectamente natural dada la propia naturaleza de la comisión, nombrada por el propio Kofi Annan, y la dificultad práctica de investigar el comportamiento de los organismos internacionales.