En la hoja de servicios de José Francisco Molina, nuevo director deportivo de la RFEF, solo figuran nueve participaciones con la selección española, pero su debut resultó inolvidable. Guardameta que siempre destacó por su juego de pies y su buen toque de pelota, el valenciano saltó al terreno como extremo en un partido amistoso contra Noruega. A falta de un cuarto de hora, Javier Clemente, entonces seleccionador, ya había realizado todas las sustiticiones y solo quedaba él en el banquillo, por lo que le ordenó salir para ocupar la banda izquierda porque Juanma López cayó lesionado y prefirió apostar por el meta antes que afrontar el último cuarto de hora con en inferioridad numérica.
El 25 de abril de 1996, la selección española jugó en Oslo un amistoso ante Noruega para preparar la Eurocopa de Inglaterra que se disputaba aquel verano. En la convocatoria aparecía el guardameta José Francisco Molina, que empezó el duelo en el banquillo. Faltando quince minutos, con empate a cero en el marcador, el seleccionador ya había realizado cuatro de las seis sustituciones permitidas cuando el defensa Juanma López caía lesionado. El bravo central no podía seguir en el partido y el técnico vasco ya no disponía de más jugadores de campo en el banquillo, solo le quedaba Molina.
Clemente no lo dudó e hizo que José Francisco Molina se quitara la camiseta de portero para enfundarse una de jugador. El meta, que no había jugado ningún minuto hasta entonces con España, debutó como internacional de la manera más inesperada. Ante la sorpresa de los aficionados que ocupaban las gradas e incluso de la gran mayoría de sus compañeros, el guardameta valenciano saltó al césped con la tarea de cubrir la banda izquierda y participar activamente en el ataque como interior. Lejos de amedrentarse , se multiplicó en las tareas defensivas, pidiendo la pelota, asociándose con sus compañeros... y gozando de la mejor oportunidad del partido para España. Un balón suelto desde la frontal fue perfectamente chutado con un sutil toque con la diestra por parte del improvisado centrocampista, marchándose a pocos centímetros de la portería nórdica. Pudo ser la guinda del pastel en un estreno tan sonado como inusual, que acabó 0-0.
José Francisco Molina jugó otros ocho partidos con España, con la que disputó 583 minutos.
