To, že léky mohou ovlivnit střevní mikrobiom, je dobře známo. Střevní mikrobiom však může ovlivňovat také účinnost léčiv. Zvyšuje nebo snižuje jejich aktivitu, vstřebávání, toxicitu… Variabilita mikrobiomu přispívá k tomu, že každý pacient reaguje na léčbu trochu jinak.