سید محمد حسینی در نامه استعفای خود از معاونت پارلمانی ریاست جمهوری تصریح کرد: اینک در پایان دوره مجلس یازدهم و شروع به کار مجلس دوازدهم به نظر می رسد ترجیح بر این است که فرد دیگری جایگزین شود. توفیق روز افزون جنابعالی و دولت “کار و فعالیت” را در خدمت بی منت به مردم شریف، پیشرفت ایران عزیز و اجرای رهنمودها و منویات رهبر فرزانه و حکیم انقلاب از خداوند قادر متعال خواهانم.