Με το σκεπτικό ότι η λειτουργία του Μητρώου Συνδικαλιστικών Οργανώσεων Εργαζομένων και Εργοδοτών προσβάλλει τον πυρήνα της συνδικαλιστικής ελευθερίας το Δ. Τμήμα του Συμβουλίου της Επικράτειας έκρινε ότι το Μητρώο αυτό είναι αντισυνταγματικό .
Συγκεκριμένα , οι ανώτατοι δικαστές αποφάνθηκαν ότι το Μητρώο Συνδικαλιστικών Οργανώσεων είναι αντισυνταγματικό, αντίθετο στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ), και αντίθετο στο συνδικαλιστικό νόμο και λόγω της σπουδαιότητας του θέματος παραπέμφθηκε προς οριστική κρίση στην Ολομέλεια του Ανωτάτου Ακυρωτικού Δικαστηρίου.
Η λειτουργία του Μητρώου Συνδικαλιστικών Οργανώσεων Εργαζομένων και Εργοδοτών, δημιουργήθηκε στο πλαίσιο που θέσπισε ο νόμος 4808/2021 για την προστασία της εργασίας και εξειδικεύθηκε με την υπ΄ αριθμ. 62599/26.8.2021 απόφαση του υπουργού Εργασίας Κωστή Χατζηδάκη.
Στο ΣτΕ είχαν προσφύγει το Εργατοϋπαλληλικό Κέντρο Αθηνών, η Ομοσπονδία Τραπεζοϋπαλληλικών Οργανώσεων Ελλάδος (ΟΤΟΕ) και το Σωματείο Εργαζομένων ACS- Ταχυδρομικές Υπηρεσίες κατά του ΓΕΜΗΣΟΕ.
Ωστόσο, όπως έκρινε το ΣτΕ, «η προαγωγή δημοσίου συμφέροντος σκοπών δεν πρέπει να επιδιώκεται με νομοθετικές ρυθμίσεις που καταλήγουν να προσβάλλουν τον πυρήνα της συνδικαλιστικής ελευθερίας ή συνεπάγονται περιορισμούς της εν λόγω ελευθερίας κατά παράβαση της αρχής της αναλογικότητας ή επιφέρουν παράνομη προσβολή άλλων προστατευτέων από το Σύνταγμα ή και το Ενωσιακό Δίκαιο δικαιωμάτων, όπως το δικαίωμα στην προστασία των δεδομένων προσωπικού χαρακτήρα».
