در حالی که بر نحوه هزینهکرد بودجه در دستگاههای مختلف دولت، از سوی دستگاههای نظارتی از جمله دیوان محاسبات مجلس و سازمان بازرسی قوه قضائیه نظارت صورت میگیرد، اما دانشگاههای علوم پزشکی از دایره این نظارت خارجند! طبق قانون برنامه چهارم و پنجم توسعه و ماده یک «قانون احکام دائمی برنامههای توسعه کشور»، دانشگاههای علوم پزشکی از قانون محاسبات عمومی مستثنی هستند