حسن روحانی طی حکمی علی یونسی و فرجی دانا را به عنوان مشاوران خود منصوب کرد
حکم ابقای علی یونسی پس از ۵ ماه از آغاز به کار دولت دوازدهم صادر شده است. آقای یونسی در دولت یازدهم نیز با عنوان « دستیار ویژه رئیس جمهوری در امور اقوام و اقلیت های دینی»فعالیت می کرد.
حسن روحانی همچنین رضا فرجی دانا را نیز به عنوان مشاور علمی خود منصوب کرد.
آقای فرجی دانا، در دولت یازدهم ، وزیر علوم بود که در مرداد سال ۹۳ از سوی مجلس مورد استیضاح قرار گرفت و از این وزارت خانه کنار گذاشته شد.
برخی رسانه ها ، دلیل اصلی استیضاح رضا فرجی دانا را افشای آنچه که«اعطای بورسیه های غیرقانونی»در دولت محمود احمدی نژاد خواندند، عنوان کرده بودند.