Micrococcal nuclease sequencing is the state-of-the-art method for determining chromatin structure and nucleosome positioning. Data analysis is complex due to the AT-dependent sequence bias of the endonuclease and the requirement for high sequencing depth. Here, we present the nucleosome-based MNase accessibility (nucMACC) pipeline unveiling the regulatory chromatin landscape by measuring nucleosome accessibility and stability. The nucMACC pipeline represents a systematic and genome-wide approach for detecting unstable (“fragile”) nucleosomes. We have characterized the regulatory nucleosome landscape in
Drosophila melanogaster
,
Saccharomyces cerevisiae
, and mammals. Two functionally distinct sets of promoters were characterized, one associated with an unstable nucleosome and the other being nucleosome depleted. We show that unstable nucleosomes present intermediate states of nucleosome remodeling, preparing inducible genes for transcriptional activation in response to stimuli or stress. The presence of unstable nucleosomes correlates with RNA polymerase II proximal pausing. The nucMACC pipeline offers unparalleled precision and depth in nucleosome research and is a valuable tool for future nucleosome studies.
Частные объявления в Вашем городе, в Вашем регионе и в России
Smi24.net — ежеминутные новости с ежедневным архивом. Только у нас — все главные новости дня без политической цензуры. "123 Новости" — абсолютно все точки зрения, трезвая аналитика, цивилизованные споры и обсуждения без взаимных обвинений и оскорблений. Помните, что не у всех точка зрения совпадает с Вашей. Уважайте мнение других, даже если Вы отстаиваете свой взгляд и свою позицию. Smi24.net — облегчённая версия старейшего обозревателя новостей 123ru.net. Мы не навязываем Вам своё видение, мы даём Вам срез событий дня без цензуры и без купюр. Новости, какие они есть —онлайн с поминутным архивом по всем городам и регионам России, Украины, Белоруссии и Абхазии. Smi24.net — живые новости в живом эфире! Быстрый поиск от Smi24.net — это не только возможность первым узнать, но и преимущество сообщить срочные новости мгновенно на любом языке мира и быть услышанным тут же. В любую минуту Вы можете добавить свою новость - здесь.
«Зенит» — «Спартак» Москва: смотреть онлайн, трансляция, прямой эфир
Сергей Собянин: Панде Катюше из Московского зоопарка исполнился год
Волейбольный «Зенит» из Санкт-Петербурга на тай-брейке проиграл «Белогорью» на Кубке Легенд, а «Динамо-ЛО» победило клуб «Газпром-Югра» в матче Кубка России
Журналисты BFM TV назвали появление Дурова во Франции загадкой