Первое упоминание о Верх-Коёне уходит к временам первой подушной переписи населения по указу Петра Первого. С тех пор прошло уже три века! История села начиналась с нескольких семей кержаков и чалдонов. Потом в эти удивительные места потянулись переселенцы из Пензенской, Полтавской, Курской, Воронежской губерний. Земли у реки Коён постепенно стали обживаться людьми. Когда-то Верх-Коенский сельсовет относился к Томской губернии. С 1935 года он стал частью Новосибирской области и вошел в состав Искитимского района.
