Stroj z Jakovlevovy konstrukční kanceláře poprvé vzlétl v říjnu 1966. Česká armáda tyto dva letouny pořídila v sedmdesátých letech a ve středu se s nimi na kbelském letišti rozloučila. Létaly s nimi například hlavy států, ústavní činitelé, nebo se tyto letouny podílely na převozu zraněných.
Na středeční poslední oficiální přistání přišla i část původní posádky, která s letounem kdysi do Československa přiletěla.
"V posádce tohoto letounu byl kapitán, druhý pilot, palubní mechanik a dál tam museli být stevardi," řekl Petr Kupka, vedoucí letky JAK-40. V době svého vzniku patřily tyto stroje k technické špičce.
"Po navigační stránce byl schopný létat za všech podmínek. Naprosto bezpečně vodil mezi bouřkami a měl dosah až 450 kilometrů. Ty motory měly trochu větší spotřebu," popsal palubní mechanik Miroslav Beneš.
Letouny JAK-40 nějaký čas sloužily i národním aeroliniím. Nasazovány byly na krátké lety, létaly například na lince mezi Prahou a Brnem.
"Na JAKu létám od roku 2004, strávil jsem v kokpitu 2600 hodin. S tím letadlem se létá dobře, a s tím, že je spolehlivé a dobře se s ním létá, se člověk těžko loučí," tvrdí pilot Radko Husák.
Za letouny JAK-40 armáda zatím adekvátní náhradu nemá. Podobné použití má jen Challenger, který ale u armády skončí zřejmě už příští rok. Podle ministerstva obrany vzdušné síly obdrží jako náhradu za letadla JAK-40 letouny CASA. Ty však podle odborníků neodpovídají požadované kategorii malých dopravních letadel.