Большинство историков при упоминании церковных реформ Петра I вспомнят новый церковный Устав, отмену патриаршества и учреждение Святейшего Синода. Тем не менее, реформы эти были куда глубже и намного более всесторонними. Например, именно Пётр Великий учредил еще будучи царем «Приказ протоинквизиторских дел», то есть русскую православную инквизицию.
Ряд церковных историков и того времени, и настоящего говорят о том, что император ввел дело к фактическому уничтожению Церкви, за это они называют российского монарха даже «антихристом». Правы они, пожалуй, только в том, что логика церковных реформ проистекала из личных и непростых отношений монарха к Русской Церкви.
Как указывает историк Карташов (кстати, последний обер-прокурор Синода в российской истории перед восстановлением патриаршества в 1917 году), рассказывая о личной религиозности российского самодержца: «Его религиозная психика была живая и полная. Не терпя невежественного культового суеверия, Петр сам привычно любил богослужебное благолепие, с увлечением часто сам читал апостола и интересовался деталями церковных чинопоследований. Он был достаточно умен и талантлив, чтобы модный и свойственный ему рационализм и утилитаризм могли исказить в нем полную православную религиозность».
Однако, с другой стороны, тот же автор говорит о недоверии к Церкви как к институту, и особенно – к патриаршеству. Это недоверие «вполне объясняется ярким, наследственно-семейным воспоминанием Петра о пережитом при его отце Алексее Михайловиче трагическом конфликте царя с патриархом Никоном, именно с заостренной идеологией Никона, глубоко напугавшей тогда всех русских государственников. Для поколения, пережившего трагедию конфликта царя и патриарха, в самом звании патриарха заложена была опасная возможность новой вспышки».
Иными словами, учреждение Синода и обер-прокурора при нём, новый Устав и жесткое ограничение власти Церкви – всё это было направлено на подавление даже намека на возможный бунт и раскол. И в этом смысле учреждение «Инквизиторского приказа» стоит рассматривать именно как еще один механизм по надзору и контролю Церкви.
«Приказ», как и было сказано, был учрежден в 1711 году. В епархиях из числа белого и чёрного (монашествующего) духовенства были назначены «духовные инквизиторы», которые, в свою очередь, подчинялись провинциал-инквизитору. Провинциалы-инквизиторы базировались в городах при архиерейских домах и осуществляли надзор уже за правящими епископами Русской Церкви. Это региональное звено русской инквизиции было подотчетно протоинквизитору, находящемуся в Москве.
В свою очередь, протоинквизитор также не был самодостаточной в плане полномочий фигурой. Он подчинялся уже Синоду. Что интересно, инквизиция, учрежденная Петром, изначально работала на выявление недочетов в церковной хозяйственной и судебной деятельности «в делах небольшой важности», которые имели место в среде епископов и епархиальных клириков. То есть, по сути, это была такая «церковная налоговая инспекция» по мелким и незначительным нарушениям. В «Полном Собрании Законов Российской империи» инквизиторы так и назывались, «духовные фискалы».
С 1711 года данная структура оформлялась постепенно. Сама должность протоинквизитора появилась только в 1721 году, обозначенная в «Духовном Регламенте». Первым протоинквизитором был настоятель московского Данилова монастыря, архимандрит Пафнутий. Здесь стоит отметить и несколько символический характер данной структуры в ту эпоху.
Как и было сказано выше, инквизиция была в полном подчинении Синоду, а если еще точнее, то синодальному обер-прокурору, которым в то время был Иван Васильевич Болтин, по слухам, в крещении получивший имя Иуда, и только потом взявший себе иной «псевдоним». Но, в общем, «духовные фискалы» в подчинении Иуды, которые надзирают за Церковью – звучало для православных вполне определенным и весьма зловещим образом.
К 1721 году в перечень обязанностей российской инквизиции входило наблюдение за тем, как соблюдается пресловутый Регламент, имеет ли место достаточное почитание Святейшего Синода, нет ли случаев симонии (рукоположения и назначения на церковные должности за деньги) в подотчётных им епархиях. Помимо прочего, инквизиторы надзирали и за тем, как взимаются налоги с раскольников, а также за появлением в общинах старообрядцев проповедников и «учителей». В этом случае по доносу инквизиторов такой старообрядец немедленно брался под стражу.
Что же касается порядка работы, то местный инквизитор, обнаружив нарушение, должен был сначала известить не свое непосредственное начальство, а начальство обвиняемого им человека.
Институт инквизиции в России, как и было сказано, просуществовал недолго. Сам «Приказ» был распущен еще при жизни Петра Первого, в 1724 году, а окончательно должности инквизиторов упразднила уже Екатерина 25 января 1727 года. Впрочем, реформы направленные на подчинение Церкви государству продолжились и при ней, но иными методами. Само название структуры, её функционал основанный на доносительстве, да еще и подчинение «Иуде»-Болтину, оставили глубокую память в среде российских историков и публицистов, специализировавшихся на церковной истории.
Так, российский писатель Мельников, говоря про российскую инквизицию, отмечал: «Главное же потому инквизиция не имела у нас значительного развития, что, будучи противна духу православия, она в самом духовенстве не встретила сочувствия», а уже упомянутый Карташов, резюмируя окончание инквизиции в России писал: «Их уродливый титул и должность упразднены в 1727 году».