Как сообщило издание «Коммерсантъ» 24 июля, изначально, в октябре 2023 года, уголовное дело было возбуждено по статье о мошенничестве в особо крупном размере (ч. 4 ст. 159 УК РФ), по нему задержали гендиректора «Стройхимпроекта» и учредителя «Партнер Плюс» Елену Ляхович, а также ее главного бухгалтера Виктора Билько. Расследование касалось закупки томографа для Девятого лечебно-диагностического центра Минобороны с предполагаемым хищением средств ведомства.
Как считало следствие, в августе 2019 года Главное военно-строительное управление по специальным объектам, которым до перехода в ВСК руководил Андрей Белков, заключило госконтракт на поставку томографа в медучреждение Минобороны с ООО «Партнер Плюс». Заказчик, как утверждали правоохранители, хотел получить аппарат, произведенный немецкой компанией, которая из-за санкций отказалась бы предоставить томограф в оборонное ведомство. Тогда «Партнер Плюс» за 114 млн рублей приобрел медоборудование у официального поставщика немецкого производителя. Госзаказчик же по контракту выплатил 121 млн рублей, 7 млн рублей, как считала сторона обвинения, получили Ляхович и другие участники сделки. Реальная стоимость томографа, прописанная в договоре, составляла 76 млн рублей.
Об избрании меры пресечения Андрею Белкову 25 июля 2024 года первым сообщило информагентство «Интерфакс» со ссылкой на пресс-службу Тверского райсуда. Срок ареста публично не называется. Также в открытом доступе нет информации, когда именно Белков покинул пост главы ВСК. «Коммерсантъ» 24 июля, ссылаясь на сведения из самой ВСК, писал, что Белков «уже уволен», однако «Интерфакс» в своей публикации от 25 июля называет Белкова действующим гендиректором ВСК. По данным СПАРК-Интерфакс на 26 июля, врио гендиректора ВСК числится Дарья Морозова.
В апреле 2024 года Следственный комитет сообщил о задержании замминистра обороны РФ Тимура Иванова, который среди прочего контролировал работу ВСК. Его подозревают по ч. 6 ст. 290 УК РФ (получение взятки в особо крупном размере). Правоохранительные органы считают, что Иванов и бизнесмен Сергей Бородин вступили в преступный сговор с третьими лицами для получения взятки на сумму 1,185 млрд рублей при проведении подрядных и субподрядных работ для нужд Минобороны. Сейчас Иванов находится под стражей, со своей должности он был уволен в связи с утратой доверия.
В настоящее время рассматривается еще одно уголовное дело о мошенничестве при закупке аппаратов ИВЛ для нужд Минобороны. Его фигурантом стал заместитель начальника Военно-медицинской академии им. С.М. Кирова Павел Вешкин, арестованный в январе 2024 года. Следственный комитет утверждает, что Вешкин вместе с другими подозреваемыми в 2022 году, ссылаясь на распространение штамма коронавируса «омикрон», заключали по завышенным ценам контракты с подконтрольными им компаниями на поставку медоборудования и лекарств. Сумма ущерба от их действий оценивалась в 40 млн рублей.
