شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی اعلام کرد که علت حادثه در تأسیسات هسته‌ای نطنز مشخص شده است، اما به دلیل «برخی ملاحظات امنیتی» بعداً به اطلاع عموم خواهد رسید.
به گزارش خبرگزاری فارس، وابسته به سپاه پاسداران، سخنگوی دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی عصر جمعه ۱۳ تیر درباره آتش‌سوزی در سایت هسته‌ای نطنز گفت:
« بررسی‌های فنی و امنیتی انجام شده از سوی دستگاه‌های ذیربط، علت وقوع حادثه در مجتمع هسته‌ای شهید مصطفی احمدی روشن در نطنز را که بامداد پنج شنبه ۱۲ تیرماه به وقوع پیوست به صورت دقیق مشخص کرده است.»
کیوان خسروی اما اعلام عمومی علت حادثه را به «زمان مناسب» موکول کرد: «به دلیل برخی ملاحظات امنیتی علت و چگونگی بروز این حادثه در زمان مناسب اعلام خواهد شد.»
بامداد پنج‌شنبه ۱۲ تیر، حدود ۲ بامداد بخشی از تأسیسات روزمینی سایت هسته‌ای نطنز دچار آتش‌سوزی شد. بهروز کمالوندی، سخنگوی آژانس انرژی اتمی ایران محل حادثه را «یکی از سوله‌های در حال تکمیل» معرفی کرد و پس از او هم رمضانعلی فردوسی بادی، فرماندار نطنز گفت یک سوله «در حال ساخت» دارای «وسایل اسقاطی» آتش گرفته است.
اما کارشناسان بین‌المللی به خبرگزاری آسوشیتدپرس و روزنامه آمریکایی نیویورک‌تایمز گفتند که یک تأسیسات جدید تولید سانتریفیوژ آتش گرفته و ضربه قابل توجهی به فعالیت‌های هسته‌ای در نطنز وارد شده است.
پس از این حادثه، یک خبرنگار اسرائیلی در توئیتی مدعی شده بود که اسرائیل سایت نطنز را بمباران کرده است. گروهی به نام «یوزپلنگ‌های وطن» هم در ویدئوهایی که برای برخی رسانه‌ها از جمله «رادیو زمانه» فرستاده‌اند، مسئولیت «حمله» به تأسیسات نطنز را برعهده گرفتند اما تأیید ادعاهای آنها در حال حاضر ممکن نیست.
یک مقام امنیتی خاورمیانه بدون فاش شدن نام‌اش در گفت‌و‌گو با نیویورک‌تایمز مدعی شده بود که یک وسیله انفجاری در محل حادثه منفجر شده و باعث این آتش‌سوزی بوده است.
فرماندار نطنز اما پنج شنبه «گمانه‌زنی‌ها در مورد حمله» را «کاملاً بی‌اساس» دانست. هرچند پیش از آن خبرگزاری رسمی جمهوری اسلامی (ایرنا) در یک مقاله احتمال خرابکاری «کشورهای معاند» از جمله اسرائیل و ایالات متحده را مطرح کرده بود.
وزارت امور خارجه آمریکا در واکنش به حادثه نطنز اعلام کرد که در حال بررسی دقیق جزئیات این رویداد است. این وزارتخانه نوشت:
«حادثه نطنز یادآوری کرد که چگونه رژیم ایران تلاش می‌کند به قیمت ضرر مردم ایران، برنامه منحرف هسته‌ای خود را در اولویت قرار دهد.»
احتمال نشست مواد رادیواکتیو پس از این سانحه مطرح شد. کیوان خسروی، سخنگوی دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی جمعه همچون دیگر مسئولان ایرانی که تا کنون اظهار نظر کرده اند، این احتمال را منتفی دانست: «در محل وقوع حادثه هیچگونه مواد هسته ای وجود نداشته و موضوع نشت مواد رادیو اکتیو در وقوع این رخداد کاملا منتفی است.»
