El 21 de octubre de 1522 los portugueses se apoderaron de la nao Trinidad, que se encontraba fondeada en Benacora (Islas Molucas) con todos sus tripulantes flacos y enfermos. La nave estaba en tal mal estado que cuando la llevaron a Ternate, se hundió y quedaron retenidos por los lusos con veinte de sus tripulantes.
El 28 de febrero de 1523, dieciséis de ellos fueron trasladados a Banda y sólo cuatro lograron escapar en un junco. Fueron el despensero Juan de Campos, el sobresaliente Diego Arias, el grumete Juan Navarro y el marinero Juan Ginovés, aunque se desconoce qué pasó con ellos. Del resto, el grumete Jerónimo García falleció y otros dos fueron retenidos de por vida en la isla (el carpintero Antonio y el calafate Antón de Basozábal) y los nueve supervivientes restantes, después de permanecer otros cuatro meses en Banda, fueron enviados a Malaca.
Antonio de Brito, el capitán luso que los detuvo y los entregó, envió una carta a su gobernador, Jorge de Albuquerque, en la que manifestó que no era muy partidario de respetar la vida de los mandos de la Trinidad. Sus palabras textuales fueron: «En lo que toca al maestre, al escribano y piloto, yo escribo al capitán mayor que será más servicio de V.A. mandarles cortar las cabezas, que enviarlos allá. Detúvelos en Maluco, porque es tierra enferma, con intención de que murieran allí, no atreviéndome a mandárselas cortar porque ignoraba si daría a V.A. gusto en ello. Escribo a Jorge de Alburquerque que los detenga en Malaca, que tampoco es tierra muy saludable».
Las lúgubres intenciones de Brito, expresan hasta qué punto era firme la resolución lusitana de eliminar toda huella de la Armada española. En Malaca, otros tres tripulantes de la Trinidad consiguieron embarcar en un junco que partió para Cochím. Eran el escribano Bartolomé Sánchez, y los sobresalientes Alonso Coto y Luis del Molino, de los que tampoco nunca se supo nada más. Al grumete Antón Moreno, no le dejaron subir para quedar como esclavo de una hermana de Alburquerque. De los tripulantes, otros cuatro murieron como consecuencia de sus miserables vidas: el contramaestre Bartolomé Prior, el marinero Domingo Vizcaíno, el grumete Francisco de Ayamonte, y el merino Juan de Sagredo.
Pasados cinco meses, los españoles que aún seguían cautivos del gobernador fueron enviados también a Cochín, que era asentamiento luso. Allí fallecieron el grumete Luis de Beas y el marinero Diego Martín. Un tercero, Juan Rodríguez Sordo, intentó regresar a España como polizón en una nave portuguesa que volvía a Lisboa. Cómo acabó su aventura, nunca lo sabremos.
El marinero León Pancado, conoció a unos compatriotas suyos que navegaban como marineros en otra nao portuguesa, a los que acabó pidiéndoles ayuda para poder regresar a Génova. Aceptada su solicitud, la noche antes de zarpar esta nave lusitana con destino a Mozambique, los marineros lo subieron a cubierta y lo escondieron entre las mercancías. Ya en aguas del Índico fue descubierto por los portugueses. Para su sorpresa, en la nao se había embarcado como polizón otro genovés, el maestre Juan Bautista de Punzorol. Al fondear en Mozambique, ambos fueron entregados a las autoridades portuguesas, que los prendieron con grillos y los reembarcaron en un navío que iba a partir hacia la India, pero unos tiempos contrarios impidieron que el barco abandonara Mozambique. Al poco tiempo, falleció víctima del agotamiento Juan Bautista de Punzorol.
Sin embrago, León Pancaldo, embarcó una oscura noche a bordo de una nao que iba hacia Lisboa, escondiéndose entre unos fardos. Tras permanecer tres días oculto, acuciado por el hambre, se vió obligado a abandonar su escondite y presentarse al capitán. Al llegar el barco a la capital lusa, León Pancado fue encarcelado, pero pasado un tiempo, el rey portugués, a instancias de Carlos I, le permitió regresar a Sevilla. Éste fue el primer tripulante de la Trinidad en pisar suelo español.
Cuando se conoció en Cochín que la hermana de Carlos I, doña Catalina, había contraído matrimonio con el rey Juan III de Portugal, el gobernador de la plaza embarcó en una nao que se dirigía a Lisboa a los tres tripulantes de la Trinidad que aún quedaban allí retenidos: el capitán Gonzalo Gómez de Espinosa, el piloto Ginés de Mafra y el condestable Hance Vargue,
«Se alquilaron para ir en una nao por su sueldo, pero ganaron sueldo. Trabajaron en el navío y velaban como si ganaran sueldo y no les dieron sino pan y agua y cierta manteca y un fardo de arroz y ciertos cocos a cada uno».
Al llegar a la capital lusitana el 25 de julio de 1526, estos tres hombres fueron internados en la cárcel del Limonero» Hance Vargue no tuvo fuerzas para soportar una vida tan ruin, y falleció en una de sus celdas. Gonzalo Gómez de Espinosa fue puesto en libertad después de siete meses de cautiverio y Ginés de Mafra fue retenido en los calabozos veintisiete jornadas más.
Finalmente, de los 54 hombres que tripulaban la Trinidad, sólo tres de ellos regresaron a la capital hispalense. Desde que estos afortunados salieron de Tidore hasta arribar a Sevilla, transcurrieron cuatro años y tres meses durísimos, padeciendo sufrimientos sin fin y viendo desaparecer a la casi totalidad de sus compañeros.
